Erdők
Természetvédelmi szempontból fontos, hogy nagy területet foglalnak el az erdők. A víz által befolyásolt jellemző értékes erdőtípusok az égerlápok, puhafás- és keményfás ligeterdők, domb és hegyvidéki területeken az illír jellegű gyertyános-tölgyesek és bükkösök. A szántóföldi gazdálkodás térfoglalása miatt ma már csak hírmondóban akad kisebb homoki tölgyes és lösztölgyes erdőfolt. Az erdei élőhelyek olyan növényritkaságoknak adna otthon mint a bánáti bazsarózsa (Peonia banatica), a fekete galagonya (Crategus nigra), szarvasbangó (Ophris scolpopax ssp. cornuta), majomkosbor (Orchis simia). A dél-dunántúli erdők állatvilágának védett fajai közül a teljesség igénye nélkül megemlíthető a havasi cincér, fekete gólya, rétisas, barna kánya, vadmacska.

Gyepek
A gyepek, bár területük jóval kisebb mint az erdõké, szintén számos természetvédelmi érték hordózói. A síkvidékek mocsárrátjei és nedves gyepei, a foltokban megmaradt löszpuszta maradványok, a Mecsek és a Villányi-hegység sziklapgyepei valamint a belsõ-somogyi és mezõföldi homoki gyepek képviselõ mind megtalálhatóak a védett területek hálózatában. A gyepek növényi közül különleges természetvédelmi értéket képvisel a magyar kikerics, bakszarvú lepkeszeg, magyar méreggyilok, szalmagyopár, állatfajok közül a magyar tarsza, a villányi télibagoly, az ürge és a kerecsen.

Vizes és vízi élőhelyek
Vizes és vizi élõhelyek egyrészt a két folyó mostani és hajdani árterületén, másrész a domvidéki tájak völgytalpjain, illetve a homokvidékek mélyebben fekvő területein jöttek létre valamikor a mainál nagyobb kiterjedésben, ám a klimatikus változások és méginkább az emberi beavatkozások következtében kiterjedésük folyamatosan csökken. A két nagy folyó, a Duna és a Dráva mellékágai és holtágai, a domvidékek elmocsarasodó völgytapjai és mesterségesen kialakított halastórendszerei, a Belső-Somogyra jellmező homokhátak közötti lápok, égerlápok, zsombékosok mind megtalálhatóak régiónkban. Védett növényfajok közül az aldrovanda, a vidrafű, a mételyfű, a békaliliom, vizi lófark találta meg itt az élőhelyét, állatfajok közül a cigányrécét, mocsári teknős és vidrát emelhetjük ki.