Magába foglal több korábban létrehozott természetvédelmi területet, így a Jakab-hegy Természetvédelmi Terület, Melegmányi-völgy, Pintér-kert, Abaligeti-barlang felszíne területét, valamint a Kőszegi-forrás erdőrezervátumot. Helyi jelentőségű védett természeti területek közül a legjelentősebb a Pécsi Parkerdő, amely szintén az új tájvédelmi körzet része lett. A geológiai értékek közül ki kell emelni a tájvédelmi körzet délnyugati részén elhelyezkedő Jakab-hegyet és környékét, amelyet zömében alsó triász és perm üledékes kőzetek, homokkő, aleurolit és konglomerátumok építenek fel. A meredek, déli lejtők látványos morfológiai elemei a kipreparálódott konglomerátum tornyok, a Babás szerkövek, illetve a Zsongorkő természetes kilátópontja. Az észak felé lejtő területen található a Nyugat-Mecseki karszt, amelyet zömében jól karsztosodó középső-triász mészkőből épül fel és jelentős felszíneken jégkorszaki lösszel borított. A felszíni karsztjelenségekben (töbrök, víznyelők, források) gazdag terület látványossága a Melegmányi és a Nagy-mély-völgyben található mésztufa lépcsősor is. A területen található több mint kétszáz barlang közül 5 fokozottan védett, a leghosszabb és egyben legismertebb a turisták számára is kiépített, mintegy 1,5 km hosszú Abaligeti-barlang.

Növényvilág

A terület flórája szubmediterrán hatás nyomait viseli magán, erre utalnak azok az elterjedt védett növényfajok is, mint például a piritógyökér vagy a szúrós csodabogyó is. A meredek, száraz, déli oldalakon virágos kőrises-molyhos tölgyes bokorerdők, a tetőkön zömében illír gyertyános tölgyesek, míg az északi oldalakon és a hűvös völgyekben bükkösök a jellegzetes erdőtípusuk. A déli oldalakon kisebb sziklagyepfoltok, az északi hegylábnál nedves kaszálók fokozzák az élőhelyek változatosságát. Növénytani értékek közül - a teljesség igénye nélkül - kiemelhetünk több hazai orchideafajt (majomkosbor, szarvasbangó, méhbangó, Janka-sallangvirág), a pécsi zergevirágot vagy a havasi tisztesfüvet is.

Állatvilág

Az állatvilág is számos védett fajjal képviselteti magát. Ízeltlábúak közül meg kell említeni a gyepterületekre jellemző magyar tarszát, a karsztvidék völgyeiben előforduló mecseki őszitegzest és a balkáni hegyiszitakötőt. A madárvilágra alapvetően a lomberdei fajok a jellemzőek, ritka és értékes képviselője a hegyi billegető és a kis légykapó, de a hegylábi kaszálókon előfordulhat a fokozottan védett haris is. Emlősfajok közül - köszönhetően a számos barlangnak, üregnek - kiemelkedően sok denevérfajjal találkozhatunk (például csonkafülű denevér, kis- és nagy patkósdenevér). A denevérek életét Abaligeten egy tematikus kiállítás is bemutatja (Denevérmúzeum). A védetté nyilvánítás célja a területen jelenleg is megtalálható védett és ritka fajok és társulások megőrzésén túl az is, hogy a Tájvédelmi Körzetben folyó gazdálkodás is természetkímélő irányba mozduljon el. Ennek érdekében szorgalmazzuk a vágásos erdőgazdálkodás felváltását az állandó erdőborítást biztosító módszerekkel és a barlangok megóvását is. Mivel a tájvédelmi körzet egy nagyvárossal határos és igen nagy igény van a szabadban való tevékenységek iránt is, törekszünk a terület értékeinek természetkímélő bemutatására elsősorban a bakancsos turizmus támogatásával és tanösvények létesítésével. A bemutatásnál nemcsak a természeti, de a kultúrtörténeti értékek is nagy hangsúlyt kapnak, mint például a jakabhegyi Pálos kolostor romjainak helyreállítása.